Statistiques pour la science des données génomiques

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Statistiques pour la science des données génomiques

Ce cours fait partie de Spécialisation "Science des données génomiques"

Instructeur : Jeff Leek, PhD

40 803 déjà inscrits

Inclus avec

4 modules

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381 avis

9 heures à compléter

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Compétences que vous acquerrez

Catégorie : Prétraitement des données
Catégorie : Régression logistique
Catégorie : Méthodes statistiques
Catégorie : Statistiques
Catégorie : Analyse des données
Catégorie : Analyse exploratoire des données
Catégorie : Tests d'hypothèses statistiques
Catégorie : Analyse
Catégorie : Biostatistique
Catégorie : Pipelines de données
Catégorie : Modélisation statistique
Catégorie : Inférence statistique
Catégorie : Analyse statistique
Catégorie : Probabilités et statistiques
Catégorie : Analyse de régression
Catégorie : Bioinformatique

Outils que vous découvrirez

Catégorie : R Programmation

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4 devoirs

Enseigné en Anglais

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Il y a 4 modules dans ce cours

Une introduction aux statistiques qui sous-tendent les projets de science des données génomiques les plus populaires. Il s'agit du sixième cours de la spécialisation en science des données génomiques (Genomic Big Data Science) de l'Université Johns Hopkins.

Ce cours est structuré de manière à aborder les idées conceptuelles clés de la normalisation, de l'analyse exploratoire, de la modélisation linéaire, des tests et des tests multiples qui reviennent sans cesse dans les études génomiques.

Inclus

21 vidéos3 lectures1 devoir

21 vidéosTotal 129 minutes

Bienvenue sur le site Statistics for Genomic Data Science3 minutes
Qu'est-ce que les statistiques ?3 minutes
Trouver des statistiques fiables (4:44)5 minutes
Obtenir de l'aide (3:44)4 minutes
Qu'est-ce que les données ? (4:28)4 minutes
Représentation des données (5:23)5 minutes
Présentation du module 1 (1:07)1 minute
Recherche reproductible (3:42)4 minutes
Réaliser une recherche reproductible (5:02)5 minutes
R Markdown (6:26)6 minutes
Les trois tables de la génomique (2:10)2 minutes
Les trois tables de la génomique (en R) (3:46)4 minutes
Conception expérimentale : Variabilité, réplication et puissance (14:17)14 minutes
Conception expérimentale : Confusion et randomisation (9:26)9 minutes
Analyse exploratoire (9:21)9 minutes
L'analyse exploratoire en R, première partie (7:22)7 minutes
L'analyse exploratoire en R, deuxième partie (10:07)10 minutes
L'analyse exploratoire en R, partie III (7:26)7 minutes
Transformation des données (7:31)8 minutes
Le regroupement (8:43)9 minutes
Le regroupement en R (9:09)9 minutes

3 lecturesTotal 30 minutes

Syllabus10 minutes
Enquête préalable à la formation10 minutes
Introduction et matériel10 minutes

1 devoirTotal 30 minutes

Quiz du module 130 minutes

Cette semaine, nous aborderons le prétraitement, la modélisation linéaire et les effets de lot.

Inclus

14 vidéos1 devoir

14 vidéosTotal 97 minutes

Présentation du module 2 (1:12)1 minute
Réduction des dimensions (12:13)12 minutes
Réduction des dimensions (en R) (8:48)9 minutes
Prétraitement et normalisation (11:26)11 minutes
Normalisation par quantile (en R) (4:49)5 minutes
Le modèle linéaire (6:50)7 minutes
Modèles linéaires avec covariables catégorielles (4:08)4 minutes
Ajustement des covariables (4:16)4 minutes
Régression linéaire en R (13:03)13 minutes
Plusieurs régressions à la fois (3:50)4 minutes
De nombreuses régressions dans R (7:21)7 minutes
Effets de lot et facteurs de confusion (7:11)7 minutes
Effets par lots dans R : Partie A (8:18)8 minutes
Effets par lots dans R : Partie B (3:50)4 minutes

1 devoirTotal 30 minutes

Quiz du module 230 minutes

Cette semaine, nous aborderons la modélisation des résultats non continus (comme les données binaires ou de comptage), les tests d'hypothèses et les tests d'hypothèses multiples.

Inclus

15 vidéos1 devoir

15 vidéosTotal 86 minutes

Présentation du module 3 (1:07)1 minute
Régression logistique (7:03)7 minutes
Régression pour les nombres (5:02)5 minutes
GLM en R (9:28)9 minutes
Inférence (4:18)4 minutes
Hypothèses nulle et alternative (4:45)5 minutes
Calcul des statistiques (5:11)5 minutes
Comparaison des modèles (7:08)7 minutes
Calcul de statistiques dans R10 minutes
Permutation (3:26)3 minutes
Permutation en R (3:33)4 minutes
Valeurs P (6:04)6 minutes
Tests multiples (8:25)8 minutes
Les valeurs P et les tests multiples dans R : Partie A (5:58)6 minutes
Les valeurs P et les tests multiples dans R : Partie B (4:23)4 minutes

1 devoirTotal 30 minutes

Quiz du module 330 minutes

Au cours de cette semaine, nous allons couvrir une grande partie des pipelines généraux que les gens utilisent pour analyser des types de données spécifiques comme RNA-seq, GWAS, ChIP-Seq, et les études de méthylation de l'ADN.

Inclus

14 vidéos1 lecture1 devoir

14 vidéosTotal 74 minutes

Aperçu du module 4 (1:21)1 minute
Enrichissement des ensembles de gènes (4:19)4 minutes
Plus d'enrichissement (3:59)4 minutes
Analyse des ensembles de gènes en R (7:43)8 minutes
Le processus de l'ARN-seq (3:59)4 minutes
Le processus de Chip-Seq (5:25)5 minutes
Le processus de méthylation de l'ADN (5:03)5 minutes
Le processus de GWAS/WGS (6:12)6 minutes
Combinaison de types de données (eQTL) (6:04)6 minutes
eQTL en R (10:36)11 minutes
Degrés de liberté du chercheur (5:49)6 minutes
Inférence et prédiction (8:52)9 minutes
Savoir quand demander de l'aide (2:31)3 minutes
Statistiques pour la science des données génomiques (1:53)2 minutes

1 lectureTotal 10 minutes

Enquête post-cours10 minutes

1 devoirTotal 30 minutes

Quiz du module 430 minutes

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Jeff Leek, PhD

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Bioconductor for Genomic Data Science
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Python for Genomic Data Science
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’Pouvoir suivre des cours à mon rythme à été une expérience extraordinaire. Je peux apprendre chaque fois que mon emploi du temps me le permet et en fonction de mon humeur.’

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Avis des étudiants

5 stars
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4 stars
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5,24 %

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Révisé le 25 mars 2019

Very good course and useful understanding statistical aspects of data.

Révisé le 12 févr. 2017

Overall, a very good course. Not without its flaws (inconsistent video audio levels), but I have walked away knowing far more about Genomic Data Science than I expected to.

Révisé le 9 avr. 2021

This is the best. It opens my eye for genomic data analysis.

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Foire Aux Questions

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